根据建委职能，建委设九个职能科室。
1、办公室
负责机关政务工作；负责公文处理、档案、提案、议案信访和保密工作；承办行政复议、行政赔偿案件和行政诉讼的应诉代理工作，组织行政处罚听证工作；负责起草行政工作计划、行政措施和有关文件；负责机关行政后勤服务的管理工作；负责机关及所属事业单位的财务管理工作。
负责人：傅学武
电话：010-89367211
2、政工科
负责机关的组织、宣传、党建工作；负责对机关干部的考察、培养；负责工会、共青团、妇联有关方面工作：负责机关的人事劳资工作和退(离)休干部的管理服务工作：负责机关人员的在岗培训工作；负责机关的统战和计划生育工作。
负责人：王秉瑞
电话：010-89367213
3、建设管理科
负责辖区内建设工程施工现场、质量安全的监督管理；负责外地建筑业企业和劳务队伍进京施工跟踪考评工作；负责建设工程项目施工许可和建设工程减少噪声扰民方案的审批；依法查处违反法定建设程序的行为；负责施工图设计文件、工程项目建设管理单位资格，外地来京建筑业企业劳务注册的核准工作；负责工程建设项目报建表、建设工程竣工验收、工程质量监督注册的备案和建筑工程劳务分包交易备案工作：搜集、整理和提供各建设单位、施工单位以及工程监理单位在履行施工现场管理责任和遵守法定建设程序等方面的信用信息；负责协调筑业企业劳务合同纠纷和质量投诉。
负责人：高贵来
电话：010-89367222
4、建筑业管理办公室
负责辖区内建筑业企业资质管理；负责新办建筑业企业的资质审核工作；负责建筑业企业的日常管理和动态管理；负责工程监理企业的资质管理和日常管理；负责新办工程监理企业的资质审核工作：负责辖区内二级（含二级）以下建造师执业资格考核认定工作；负责辖区内建筑业企业和建筑起重机械设备租赁、维修企业的资质管理工作；负责建筑业行业统计工作：负责辖区内工程建设项目招投标监督管理工作。
负责人：史华
电话：010-89367227
5、建筑材料管理办公室
负责全区建材行业的管理工作；负责拟定区建材业的发展战略和建材开发利用的中、长期规划；对建材产品项目立项进行前期管理；负责建材产品的备案初审；负责新型建材产品的鉴定组织工作；负责建筑节能与新型墙体材料新技木、新产品推广工作；负责新型墙体材料和散装水泥专项基金的收缴，返退、使用、回收等工作；负责水泥行业管理及发展散装水泥工作；负责指导建材学会、协会工作。
负责人：许金良
电话：010-89367230
6、城镇建设综合开发管理办公室(危房改造管理办公室、康居管理办公室、小城镇办公室)
负责辖区内开发建设项目的监督管理，并组织综合验收；拟定房地产开发、危旧房改造的管理办法；拟定危旧房改造年度计划；负责经济适用住房政策的调研，拟定区内经济适用住房管理办法；负责危改项目的申请上报、批复和验收工作；负责规范房地产市场、危旧房改造市场工作，依法查处各种违法开发的行为；负责“房地产开发企业资质初审”和“内资房地产开发项目初审”的行政许可工作；负责房地产开发企业备案管理工作；负责房地产开发企业的资质年检工作；负责辖区内小城镇建设发展管理工作;向区委、区政府汇报小城镇改革和发展情况并提出建设性意见。搜集、整理和提供房地产开发企业在房地产开发经营活动中的信用信息。
负责人：王凤新
电话：010-89367232
7、住房制度改革办公室
宣传贯彻国务院、北京市关于深化城镇住房制度改革的决定和相关房改政策;调查研究住房制度改革中存在的问题并提出政策建议，起草房山区住房制度改革的相关实施方案并组织落实;负责本区中低收入家庭的住房保障工作;按权限审批驻区中央、市、区属单位的房改方案，审批行政、事业、企业单位住房分配货币化实施方案，并进行指导和监督;负责本区城镇最低收入家庭廉租住房保障及实施工作，具体负责审核、批准及资金发放工作;负责本市经济适用住房购买资格审核工作，做好经济适用住房综合地价款的审核、征缴及清退工作;承办区政府交办的临时性工作。
负责人：徐宗学
电话：010-89367306
8、物业管理科
负责宣传，贯彻，落实国家和本市物业管理的政策与法规;负责本区内居住小区的物业管理和对物业管理企业日常工作的指导、监督和检查;负责对物业管理企业进行资质初审和年审复审;指导居住小区成立业主大会和业主委员会和选聘物业管理企业;参与住宅小区综合验收;负责直管公房管理，指导房管所房屋管理工作;组织、指导全区房屋安全普查和城镇房屋防汛工作;公共维修资金代收和管理工作。
负责人：于海峰
电话：010-89356011
9、房屋权属科
负责辖区内登记房屋产权权属确权核准及相关管理工作；负责房地产抵押、转让等管理工作；负责落实私房政策管理工作；负责依法调处城镇房屋产权权属纠纷工作；负责区域内的房地产权属档案的具体管理工作。
负责人：于德怀
电话：010-89363602
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